De acuerdo a lo establecido en el documento, el Protocolo Metodológico considera dos etapas sucesivas. La primera destinada a la constitución de una mesa de diálogo entre las partes y la ejecución de estudios de línea base del área de influencia. En tanto, la segunda tendrá por objeto identificar y consensuar las medidas de reparación y/o compensación que puedan resultar aplicables a la luz de los estudios de línea base científica que se desarrollarán en la etapa anterior.